Durante la guerra 1936-39 la batería Alvarez de Castro se mantenía en servicio pero no llegó a hacer fuego, el alcance de sus obuses era inferior al de la moderna artillería naval y como material de costa había perdido toda utilidad. En el castillo se montaron algunas piezas adaptadas para hacer fuego antiaéreo, utilizadas sin efectividad durante los bombardeos a que fue sometida la ciudad por parte de la aviación. En la fortaleza se sabían hacinados gran número de cautivos, lo que la descartaba como objetivo en estos ataques.
En 1938 se inició la instalación en el castillo de una nueva batería de costa, calificada como Batería de Honores, con cuatro cañones Vickers 152,4/50 modelo 1923, montados ya finalizada la guerra y que son los que hoy se contemplan, fuera de servicio, en sus emplazamientos originales. Carente de interés estratégico, el castillo de Montjuïc se mantuvo como prisión militar hasta su cesión a la Ciudad el 6 de mayo de 1960, y tras las necesarias obras de acondicionamiento el 24 de junio de 1963 fue inaugurado por el Jefe del Estado como Museo Militar.
