La Academia General Militar está mandada por un General de Brigada del Ejército de Tierra que, a su vez, es el Director del Centro. La organización de la Academia se articula en seis grandes núcleos :
- Órganos asesores y de apoyo dependientes directamente del General Director:
- Plana Mayor de Dirección (PLMD): Es el principal órgano asesor del General Director.
- Sección de Asuntos Económicos (SAECO): Gestiona todos los recursos económicos asignados a la AGM.
- Órgano de Apoyo Institucional al Comandante Militar: Proporciona el apoyo y asesoramiento al General Director en el ejercicio de sus cometidos como Comandante Militar de Zaragoza y Teruel.
- Suboficialía Mayor: Asesora en materia de Suboficiales y Tropa, siendo el elemento de enlace con ellos.
- Asesoría Jurídica. Proporciona asesoramiento jurídico al General Director.
- Secretaría particular.
- Jefatura de Estudios (JEST): gestiona todo lo referente a Planes de Estudios, Alumnado y Profesorado. Encuadra orgánicamente a todos los alumnos
- Jefatura de Apoyo y Servicios (JAS): proporciona los apoyos a las actividades de instrucción y adiestramiento y los servicios de acuartelamiento a toda la Academia.
- Unidad de Música: coordina y ejecuta todas las misiones referente a la música en actos militares y conciertos.
- Biblioteca y Museo: gestiona los fondos bibliográficos y museísticos de este Centro de formación.
- Cátedra Cervantes: organiza y coordina el ciclo de conferencias de la Cátedra, el Curso Internacional de Defensa y dirige la Revista y el Suplemento "Armas y Cuerpos", con la finalidad de contribuir a la formación integral del Cadete y promover la difusión de la cultura de defensa.

Vista aérea de la Academia General Militar