El edificio del Alcázar ha conservado en su interior una serie de espacios singulares que el Museo del Ejército ha puesto en valor para que el público pueda visitarlos y conocerlos in situ. Estos espacios, que constituyen lo que hemos denominado “Recorrido Alcázar”, aparecen señalizados en el plano de situación en color morado, en distintas plantas del edificio. En cada uno de ellos, los visitantes encontrarán un texto explicativo que les acerca a la historia y al uso que tuvieron. La Capilla Imperial incluida en este recorrido, por sus dimensiones e importancia arquitectónica, se ha incorporado además como espacio expositivo.
En la Capilla Imperial, situada en la entreplanta 6B, encontramos la pieza de mayores dimensiones que custodia el Museo del Ejército; la Tienda Indo-portuguesa conocida como Tienda de campaña de Carlos V. En su entorno se contextualizan piezas pertenecientes a la dinastía de los Austrias, principalmente a Carlos I y Felipe II.
En esta planta se dedica un espacio expositivo a la Historia de las Fortificaciones, mostrando su evolución desde época romana y medieval a través de diferentes maquetas. Destaca entre ellas la maqueta de 1701 “Estudio de Fortificación de Felipe V”. Los modelos de cañones que se exponen ayudan a entender las modificaciones que experimentan las fortificaciones para hacer frente a la nueva artillería.
Este arco de herradura formó parte del acceso monumental al recinto fortificado del Alcázar en época Omeya. Es muy posible que comenzara a construirse en el siglo X durante el califato de Abd-al-Rahman III.
Las actuales salas de Banderas y Artillería así como de Armas de Fuego y Armas Blancas ocupan el espacio que en la época renacentista se utilizó como caballerizas o establos para los caballos. Existían las caballerizas viejas y las nuevas, éstas últimas se reformaron en tiempos de Carlos I y Felipe II.
Espacio dedicado a la conservación de alimentos. Cuenta la tradición que en este lugar estuvo prisionera Doña Blanca de Borbón en el siglo XIV.
En estas construcciones se recogía el agua de lluvia de las plantas superiores. Entre los restos arqueológicos se ha conservado parte de una cisterna romana y otra de época islámica. Una tercera cisterna se sitúa en la Sala de Historia del Alcázar, en ella almacenaba el agua procedente del ingenio que Juanelo Turriano construyó en 1568.
En el siglo XV se construyeron aljibes, de ladrillo y planta rectangular, para almacenar el agua procedente del río Tajo. Actualmente se han recuperado estos espacios para la visita pública.
Estas escaleras llamadas Caracoles Secretos están situadas en diferentes zonas del Alcázar y eran utilizadas principalmente por el personal de servicio.
Situada en el frontal del Patio de Armas, esta escalera fue diseñada por el arquitecto Francisco de Villalpando siguiendo el estilo renacentista en época de Felipe II. La escalera fue reconstruida después de la Guerra Civil española siguiendo las trazas renacentistas con los peldaños de granito originales.