La colección de etnografía toma forma durante los siglos XIX y XX gracias al coleccionismo de objetos “curiosos” y “exóticos” de manos de los militares destinados en las colonias españolas. Muchos de ellos fueron regalos, compras o intercambios con marinos o viajeros en el marco de las expediciones de ultramar de finales del siglo XIX. Los fondos conservados son muestras directas de la cultura material de diferentes pueblos, especialmente de las Islas del Pacífico, China y Japón, América del sur y Norte de África.
Las piezas etnográficas de las islas del Pacífico se centran especialmente en objetos de la vida cotidiana, como al serie de cucharas y cazos de madera tallada y los relacionados con las creencias y ceremoniales. Entre los últimos destacamos la llamativa máscara denominada tatanua, que representa una de las tres almas que posee el hombre y tiene un cuidado acabado que mezcla la talla de la madera con fibras vegetales y rica policromía o la talla ceremonial denominada malagan, vinculada a la ceremonia ritual del mismo nombre que combina la celebración de los muertos y la iniciación de los adolescentes. Por último, dentro de la colección Romero Ortiz y ligado a las piezas de defensa, se conserva un magnifico ejemplar de armadura filipina del tipo Kurab a kulang, realizada con láminas de asta de carabao y con cierre delantero con ganchos de plata repujada.En relación al conjunto de objetos ligados a las culturas orientales, destacar que muchos de ellos forman parte de la colección Romero Ortiz, especialmente aquellas piezas vinculadas a las artes decorativas, como el delicado jarrón chino de cloisonné de la dinastía Qing. El Museo conserva siete armaduras japonesas completas decoradas con polvo dorado sobre laca y con llamativos cordones de seda y algodón. Procedentes de China son la serie de figuras y deidades budistas y del Tíbet, el puñal ritual de bronce, con empuñadura antropomórfica y hoja de hierro de tres hojas triangulares. Del continente americano destacamos una magnífica armadura mejicana del siglo XVII y del Norte de África, piezas especialmente ligadas a la cultura material de las zonas que fueron protectorado español, Marruecos y Sahara. Entre ellas destacamos piezas de uso doméstico, como bandejas y teteras de bronce, magníficos ejemplos de cerámica bereber y un cuidado ejemplar del Corán encuadernado en oro.