

El Cuartel General de la Fuerza Logística Operativa agrupa el conjunto de unidades y órganos auxiliares destinados a facilitar el ejercicio del mando al General Jefe de la Fuerza Logística Operativa.

Dentro del Cuartel General, el Estado Mayor es el principal órgano auxiliar de mando del Jefe de la Fuerza Logística Operativa, responsable de proporcionarle los elementos de juicio necesarios para fundamentar sus decisiones, traducir estas en órdenes y velar por su cumplimiento.
El Centro de Seguimiento de la Actividad Logística es el órgano responsable de la obtención, análisis y compilación de la información que la Fuerza Logística Operativa precisa para la actualización de conceptos y procedimientos necesarios para el desarrollo de sus funciones.
La Asesoría Jurídica es el órgano que realiza la función de asesoramiento jurídico del Jefe de la Fuerza Logística Operativa y de sus Unidades que no dispongan de ella.
La Jefatura de Asuntos Económicos es la responsable de la dirección y coordinación del recurso financiero, la contratación y la contabilidad, correspondiéndole asimismo la administración de los recursos financieros asignados a las unidades, como consecuencia de su empleo fuera de territorio nacional.

La Oficina de Comunicación es el órgano responsable de la comunicación de la Fuerza Logística Operativa. Asimismo, programa, organiza y ejecuta las actividades de relaciones públicas y protocolo en las que participan sus Mandos.
La Unidad de Apoyo al Cuartel General es la unidad responsable de la dirección y ejecución de la seguridad, régimen interior, servicios y apoyos que el Cuartel General de la Fuerza Logística Operativa precisa para su funcionamiento.
El Órgano de Apoyo Institucional es el responsable del apoyo y asesoramiento al jefe de la Fuerza Logística Operativa en sus funciones de representante institucional de las Fuerzas Armadas y del Ejército de Tierra
Además, cuenta con la Jefatura de Apoyo Logístico a Operaciones que está especialmente constituida y adiestrada para proporcionar el apoyo logístico que desde territorio nacional sea preciso prestar a la fuerza proyectada.